Instytut Badań Systemowych PAN uzyskał znaczącą pozycję wśród jednostek naukowo-badawczych świata zajmujących się zbliżoną problematyką naukową. Wyraża się to znaczną liczbą umów i porozumień o współpracy naukowej z czołowymi instytucjami naukowymi i uniwersytetami, dużą liczbą publikacji w czasopismach zagranicznych, udziałem pracowników IBS PAN w realizacji wspólnych projektów badawczych i wykładach zagranicznych, wzajemnych wizytach uczonych oraz organizacji konferencji naukowych w kraju i za granicą.

Instytut współpracuje z następującymi partnerami w realizacji wspólnych projektów badawczych:

Białoruś	Instytut Matematyki - Mińsk
Belgia	Uniwersytet w Gandawie
Bułgaria	Centralne Laboratorium Inżynierii Biomedycznej Bułgarskiej Akademii Nauk - Sofia
Czechy	Instytut Teorii Informacji i Automatyzacji Czeskiej Akademii Nauk - Praga
Finlandia	Uniwersytet w Turku
Hiszpania	Instytut Badawczy Sztucznej Inteligencji - Barcelona
Indie	Indyjski Instytut Statystyki - Kalkuta
Korea Płd.	Instytut Badawczy Informatyki i Elektroniki - Taejon
Norwegia	Telenor Satellite Services - Oslo
Rosja	Instytut Informatyki i Automatyzacji Rosyjskiej Akademii Nauk - St. Petersburg
RPA	Uniwersytet Natalski
Węgry	Budapesztański Uniwersytet Techniki i Ekonomii - Budapeszt
Włochy	Uniwersytet w Sienie, ENEA, Uniwersytet w Genui

Współpraca wieloletnia obejmuje różnorodne formy kontaktów z Międzynarodowym Instytutem Stosowanej Analizy Systemów (IIASA) w Austrii, a także udział w projektach badawczych realizowanych w ramach programu Unii Europejskiej.

Ponadto Instytut współpracuje na podstawie nieformalnych kontaktów swoich pracowników z naukowcami placówek zagranicznych. Owocem tej współpracy są projekty badawcze i aktywna działalność wydawnicza prowadzone z takimi krajami jak: Austria, Chińska Republika Ludowa, Francja, Niemcy, Izrael, Japonia, Kanada, Słowacja, Szwecja, USA, Wielka Brytania.